我们依托三代测序平台，推出全覆盖式细菌基因组测序解决方案。相比二代测序，三代技术可实现无间隙完整基因组组装（Complete Genome），直接解析重复区、质粒、移动元件及碱基修饰，为菌株鉴定、功能挖掘、流行病学研究提供有力支持。依据研究目标所需精细程度的不同，我们提供了分级解决方案，涵盖标准化测序分析到深度定制化分析。
| 对比维度 | XX(二代测序) | XX三代全质粒测序 |
|---|---|---|
| 读长 | 2×150-250 bp | 打断后平均 >3 kb |
| 组装完整性 | 多数为 50-100 个 contigs，难闭合 | Q20 ( 99% ) 一致性准确率可达99.9%到99.99% |
| 重复序列/高 GC | 短读无法跨越，易断裂 | 高，单次运行Gb级 单张芯片单次最多96个样本 |
| 质粒/多复制子 | 质粒碎成多个片段，拷贝数不准 | 低 (无需扩增) |
| 碱基准确率 | 单读 Q30 ( 99.9% ) | 强 (可测通ITR、发夹、GC-rich区) |
| 成本 | 较高 | 样本到达实验室后次日出结果 |
| 下游分析 | 需多平台补洞，注释碎片化 | 独创 “AI+微生物耐药数据库” 系统，开发鉴定与药敏一体化技术； 除此之外，还可开展病原质粒传播溯源、CRISPR 分型、ANI/dDDH 新种鉴定、泛基因组与进化树构建。 |
| 对比维度 | 交付内容 | 测序平台 | 测序策略 | 交付周期 |
|---|---|---|---|---|
细菌基因组测序 （建库+测序） | 原始下机数据 | Oxford Nanopore 或齐碳 | ≥100×测序深度 | 收到样品后5个工作日 |
细菌基因组测序 （建库+测序+仅拼接） | 1、原始下机数据 2、完成图基因组（1条染色体+N条质粒，FASTA格式） 3、组装质量报告（N50、完整性评估、无N碱基） | Oxford Nanopore 或齐碳 | 强 （可测通ITR、发夹、GC-rich区） | 收到样品后7个工作日 |
细菌基因组测序 （建库+测序+基础分析 | 除上述内容之外，基础分析还包含以下内容 1、基因结构预测 2、基因功能注释 3、基因组圈图 | Oxford Nanopore 或齐碳 | ≥100×测序深度 | |
细菌基因组测序 （建库+测序+基础分析 +个性化高级分析） | 除上述内容之外 1、高级分析包含以下内容（具体分析内容根据实际信息而定） 2、基因岛(Genome Island) 预测 3、前噬菌体(Prophage)预测 4、次级代谢基因簇分析 5、PHI数据库注释 6、CAZy数据库注释 7、分泌系统蛋白及T3SS效应蛋白预测 8、毒力因子（VFDB）注释 9、耐药基因（ARDB）注释 | 仅三代：Oxford Nanopore或齐碳 二代测序Illumina+三代测序（Oxford Nanopore或齐碳） | 仅三代：≥100×测序深度 二代测序+三代测序：三代测序50–100x；二代测序100× | 一般为收到样品后30个工作日（高级分析所需的时间需要根据实际信息分析内容而定） |
基因组组装
| 样本类型 | 建议送样量 | 最低送样量 |
|---|---|---|
| 土壤/污泥/沉积物/腐殖质 | 3-5g | 1g |
水体滤膜 （孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm） | 2-3张 | 1张 |
| 拭子 | 3-5个 | 1个 |
瘤胃液/发酵液/组织液 （离心有明显沉淀） | 3-5ml | 1ml |
| 粪便/肠道内容物 | 3-5g | 1g |
| 动物/人组织 | 1-3g | 1g |
0571-56367849
inivpo@168.com
浙江省杭州市余杭区五常街道